В 18 веке здесь были городские окраины. На пустыре, который простирался на месте сада, паслась скотина местных жителей.
В начале 19 века здесь было решено сделать административную площадь города. Было выстроено здание Присутственных мест, где расположились различные учреждения и кабинеты саратовских чиновников.
После победы России в войне 1812 года было принято решение построить новый кафедральный собор во имя Святого Благоверного Великого князя Александра Невского. Строился он с 1815 по 1826 год по проекту петербургского архитектора В.П. Стасова. Колокольня была выстроена у 1842 году. Площадь стала именоваться Соборной (или Ново-Соборной).

8 апреля (26 марта по старому стилю) 1824 года городские власти признали необходимость «сделать на площади Александровского собора бульвар, насадить липок, сделать приличную огородку». Сделанная деревянная ограда и деревья первое время охраняли, чтобы за неё не забегала скотина, которая привыкла пастись здесь раньше. Было высажено 1080 липок. Однако из-за отсутствия водопровода деревья гибли. Доставлять воду для полива из Волги было весьма тяжело, денег на это не хватало.

Активно содействовал озеленению и украшению цветами городского бульвара городской голова Маслеников. Тогда же в одной из газет про него был опубликован сатирический фельетон:
Любит разводить садочки,
Разные кусточки и цветочки.
Там, где прежде гуляла коза,
Там теперь гуляют господа.
Вскоре народное название «Липки» начинает употребляться и в официальных документах, меняя пафосное «Александровский бульвар». В 1876-1877 гг было высажено более 6 тысяч деревьев и кустарников. Тогда же в саду начали создавать пестрые цветники.

В 1880-х это был благоустроенный сад, где играл оркестр, все дорожки и скамейки заняты гуляющими. Вход был платный. Уже тогда предприниматели подавали прошения в думу о позволении им чистить обувь отдыхающим, взвешивать их на весах, открыть на территории сада ресторан и даже построить театр.
В конце XIX века по Липкам протягиваются водопроводные трубы и практикуется «регулярный ночной полив насаждений». По мере роста популярности Липок начали в них появляться лотки для продажи мороженого, киоски «для производства торговли минеральной водой, лимонадом и кумысом – при строгом гигиеническом наблюдении».
В 1908 году Липки обносятся металлической кованой оградой, изготовленной в мастерских Александровского ремесленного училища по эскизам известного художника Сергея Васильевича Чехонина (после революции он создал проекты герба РСФСР, рисунки денежных купюр для Архангельска, монет, автор многочисленных иллюстраций и карикатур в журналах, шрифтов и орнаментов).
В саду устанавливается книжный киоск и музыкальная раковина, где по воскресеньям оркестр местного Башкадыкларского полка играет марши, польки и вальсы. За порядком наблюдал постоянно присутствующий в саду полицейский чин. Запрещалось появляться в саду «мастеровым с орудиями и материалами», «причинять повреждения изгородям, лавочкам, диванам и фонтанам, входить на бульвар с собаками, хотя бы таковые были в намордниках».

После революции до 1922 года сад забросили. В 1922 году было срезано до 400 деревьев. Газеты сообщали о необходимости высадить до 2000 новых деревьев, устройства 150-200 аршин рукавов для полива, изгороди и найма рабочих, чтобы ухаживать за садом. Для выхода из ситуации было предложено пускать в сад за дешевую плату, которая пойдёт на его содержание, продавать внутри цветы, выделить сумму с общественных работ, либо закрыть его до лучших времен.
В 1929 году газеты писали о том, что «Липки» - единственный сад в центре города, где можно отдохнуть выходные, однако рабочих возмущало, что развлечения в «Липках» устраиваются за плату. «Не всякий рабочий в состоянии купить для своего семейства несколько билетов по 15-20 копеек. Из-за этого многие рабочие лишаются отдыха в саду. Горсовет должен запретить платные развлечения в «Липках». Ведь об этом не раз говорили избиратели в своих наказах».
Вечером сад принадлежал «хулиганам и проституткам». «В воздухе висит мат. Хулиганы задевают прохожих», били тревогу газеты. В дневное время «людские волны» двигались по Липкам от Волги и обратно – это было единственное место в центре, где можно было укрыться от зноя, духоты и пыли. Однако все потребности жителей сад не удовлетворял. «В «Липках» можно часто увидеть жаждущих, присосавшихся ртами к запыленному грязному шлангу, из которого поливают цветы. Почему бы возле павильонов не поставить баки с водой? Лимонад в павильонах теплый».
В 1930-е годы городской сад официально стал называться садом имени Горького, и у центрального входа была поставлена скульптура пролетарского писателя с цитатой на постаменте: «Человек – это звучит гордо». Но это наименование не прижилось – «Липки» так и остались «Липками».

Тогда же был снесен собор, а на его месте был устроен теннисный стадион, зимой превращавшийся в каток. В 1944 году по инициативе Саратовского управления НКВД и по проекту архитектора В.П. Дыбова тут был построен небольшой стадион спортивного общества «Динамо» с ажурными деревянными трибунами вместимостью 2 тысячи человек, ставший местом домашних встреч саратовской футбольной команды мастеров.
В 1943 году в Липках похоронили экипаж Марины Расковой. Сначала она располагалась на месте рядом с современным бюстом Пушкина, потом экипаж перезахоронили в центр сада, а потом на Воскресенском кладбище.
После войны началось восстановление сада. Бытует легенда, что в восстановлении ограды участвовал сам Юрий Гагарин, учащийся индустриального техникума, занимавшегося этими работами. Но это из области легенд. Но то, что юный Юра любил гулять в Липах — факт. Сохранилось несколько фотографий Гагарина, в городском саду.

В 1950-х на территории сада было множество цветочных скульптур. На месте нынешних цветочных часов у фонтана «Глобус» красовался кремль с памятниками вождям – Ленину и Сталину.

На зелёных дорожках «Липок» в 1920-е годы была открыта аллея Героев, которую во времена репрессий переименовали в «аллею гениев». Бюсты «врагов народа» Троцкого, Зиновьева и Каменева заменили на Мусоргского, Гоголя и Маяковского. Но местные жители называли её «аллеей мертвецов».

Сегодня «Липки» - один из любимых мест отдыха саратовцев, а стадион «Динамо» - самый посещаемый зимний каток и место проведения массовых мероприятий.

Указом Президента РФ от 20 февраля 1995г. сад «Липки» и его ограда включены в список объектов исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения.